Vào ngày 31 tháng 5 năm 1960, phó tế Lê Phong Thuận được thụ phong linh mục tại Nhà thờ Cần Thơ do Đại diện Tông Tòa Địa phận Cần Thơ Phaolô Nguyễn Văn Bình chủ phong.[5][7] Sau khi được thụ phong linh mục, Lê Phong Thuận được bổ nhiệm đảm trách vai trò Giáo sư Tiểu Chủng viện Khánh Hưng, Sóc Trăng và Cái Răng, Cần Thơ. Năm 1964, giám mục giáo phận cử linh mục Thuận đi du học Rôma Và Đức và ông đã tốt nghiệp Tiến sĩ Giáo Luật vào năm 1970.[5]

Sau hành trình 6 năm du học, ông trở về nước, làm Giáo sư Đại Chủng viện Vĩnh Long và Đại Chủng viện Sài Gòn. Từ năm 1971 đến tháng 6 năm 1975, ông đám trách vai trò linh mục Thư ký Quản lý Tòa Giám mục Cần Thơ kiêm Chánh Án Tòa án Hôn Phối Giáo phận Cần Thơ.[5] Ngoài ra, ông còn là trưởng ban Giáo lý Giáo phận.[7]

Năm 1973, Lê Phong Thuận giới thiệu cách dạy giáo lý của châu Âu, ông được đề nghị khai mở lớp cho các chủng sinh đang giúp xứ. Đầu tháng 11 năm 1974, lớp tu nghiệp Giáo Lý đặc biệt dành cho chủng sinh đang giúp xứ năm nhất và năm thứ hai, được mở ra tại Tòa Giám mục. Tháng 5 năm 1975, sau khi không còn chiến tranh, người dân hồi hương, chính vì thế các nhà thờ hoang tàn trong chiến tranh dần hồi phục. Trong các chuyến thăm mục vụ, thăm các nhà dòng, khi thấy nhà kho, căn chòi bỏ hoang, đều ngỏ ý xin các vật liệu này để hỗ trợ các nơi khó khăn.[4]